上海市自然科学牡丹奖励基金理事会于1994年6月7日上午在上海科技大楼召开第二次全体理事会议,主要内容是对各学科评审组提出的"牡丹奖" 获奖者候选人进行审定。理事会对各学科组提出的获奖者进行投票表决,通过华东师范大学王建磐、复旦大学杨玉良、中科院上海生理研究所吉永华、上海第二医科大学附属瑞金医院陈赛娟和中科院上海冶金研究所谢晓明为1994 年"牡丹奖"的获奖者。
第二届经上海市自然科学牡丹奖奖励基金理事会审定,上海市科学技术委员会和上海市人事局批准,决定将1996年度上海市自然科学牡丹奖授予复旦大学的侯晓远和雍炯敏,上海农业科学研究院的潘迎捷,中科院上海硅酸盐研究所的施剑林,同时授予他们"上海市牡丹优秀科学家"称号。
第三届1999年12月,第三届上海市自然科学牡丹奖评审揭晓,五位获奖者分别是:中国科学院上海技术物理研究所的陆卫、华东理工大学的田禾、复旦大学的罗泽伟、第二军医大学的曹雪涛、上海交通大学的毛军发。市科委授予他们"牡丹优秀科学家"称号,并奖励每人4万元。